Zgodnie z nową ustawą „Prawo o szkolnictwie wyższym” od roku akademickiego 2005/06 na Wydziale Mechatroniki i Lotnictwa prowadzone są studia trójstopniowe:

  • pierwszego stopnia – studia inżynierskie, umożliwiające uzyskanie wiedzy i umiejętności w określonym zakresie kształcenia, przygotowujące do pracy w wybranym zawodzie zgodnie z wybraną specjalnością (przed rozpoczęciem semestru czwartego), kończące się uzyskaniem tytułu inżyniera (trwają 7 semestrów). Jedynymi ograniczeniami w wyborze przez studenta specjalności mogą być wyniki studiów oraz liczba miejsc na danej specjalności.
  • studia drugiego stopnia – studia magisterskie, umożliwiające uzyskanie specjalistycznej wiedzy w określonym zakresie kształcenia, przygotowujące do twórczej pracy w wybranym zawodzie, kończące się tytułem magistra (trwają 3 semestry). O przyjęcie na studia drugiego stopnia może ubiegać się osoba, która ma tytuł magistra, licencjata lub inżyniera oraz spełnia warunki określone przez senat uczelni.
  • Studia trzeciego stopnia – studia doktoranckie kończą się uzyskaniem kwalifikacji trzeciego stopnia  (trwaja 8 semestrów)

System trójstopniowy umożliwia: lepszą adaptację nowoprzyjętych studentów do studiów, wcześniejsze uzyskanie dyplomu inżyniera przez studentów, chcących możliwie szybko rozpocząć pracę zawodową oraz stwarza warunki kontynuowania studiów na poziomie magisterskim, a także pewnej grupie studentów – dalsze studia na poziomie doktorskim. Rekrutacja na studia prowadzona jest centralnie przez Wojskową Akademię Techniczną. W Wydziale prowadzone są również studia magisterskie uzupełniające, podyplomowe. Oferta wydziału obejmuje dwie formy kształcenia: stacjonarną (bezpłatną) i niestacjonarną (płatną). Dostępne są także wszelkiego rodzaju kursy specjalistyczne i profilujące, z których część w ramach wzbogacania oferty dydaktycznej, realizowana jest przy współpracy z instytucjami zewnętrznymi.